Die Sicherheit in Holochain basiert auf einer agentenorientierten Architektur. Jeder Benutzer signiert seine Aktionen kryptografisch auf seiner eigenen Kette, was Verantwortlichkeit und Integrität gewährleistet. Ein Netzwerk von Peers überprüft Daten mithilfe gemeinsamer Regeln. Jedes schädliche Verhalten wird schnell erkannt und isoliert. Da es kein zentrales globales Ledger gibt, das angegriffen werden könnte, ist das System widerstandsfähig gegenüber vielen gängigen Schwachstellen in Blockchains. Daten können verschlüsselt und berechtigungsabhängig sein, was starke Datenschutzkontrollen ermöglicht. Die Sicherheit ist in die Architektur integriert, anstatt von aufwändigen rechnerischen Schutzmaßnahmen abhängig zu sein. Holochain verbindet persönliche Souveränität mit kollektiver Überprüfung, um Vertrauen aufrechtzuerhalten.
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